繼續(xù)教育學院是福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學院開展學歷提升與教育培訓的職能部門，原隸屬學院教務處。2013年，學校機構(gòu)調(diào)整，將成人函授教育管理從教務處獨立，設立成人教育中心；2016年，成人教育中心更名為繼續(xù)教育中心，設立函授科和培訓科；2020年11月，繼續(xù)教育中心更名繼續(xù)教育學院；2022年5月，增設學籍管理科和技能鑒定科；作為學校主動服務區(qū)域經(jīng)濟發(fā)展，開展高等學歷繼續(xù)教育和教育培訓服務的主要部門。
學校高等學歷繼續(xù)教育起步早，自20世紀80年代開始，與中國藥科大學合作成立中國藥科大學成人教育福建函授站，開展藥學專升本、中藥學專升本、藥學專科成人高等教育工作。2001年，經(jīng)省衛(wèi)生廳、省教育廳備案，學校創(chuàng)建北京中醫(yī)藥大學遠程教育學院福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學院學習中心，面向我省社會各界招收護理、中藥學專業(yè)本專科學生。2008年，學校開辦護理、醫(yī)學檢驗技術(shù)高職函授專業(yè)；2009年，增設臨床醫(yī)學、助產(chǎn)、醫(yī)學影像專業(yè)；2014年增設中藥學函授專業(yè)。2014年，學校與福建醫(yī)科大學和福建中醫(yī)藥大學聯(lián)辦?？婆c本科銜接自學考試助學班，招收護理、藥學、中藥學專業(yè)學生。2016年，與福建中醫(yī)藥大學聯(lián)合招收護理專升本函授。2017年，經(jīng)福建省教育廳備案，學校在福建閩北衛(wèi)生學校設立成人高等教育校外教學點。
學校主動服務區(qū)域經(jīng)濟社會發(fā)展，開展教育培訓服務。牽頭成立福建省基層衛(wèi)生技術(shù)人員培訓集團（常務理事單位37個，理事單位100個）, 設有福建省基層衛(wèi)生技術(shù)人員培訓基地、鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生技術(shù)人員培訓中心和鄉(xiāng)村醫(yī)生培訓中心，獲批福建省公務員培訓基地、福建省農(nóng)民工“求學圓夢行動”項目培養(yǎng)高校和培養(yǎng)基地、福建省繼續(xù)教育示范教學站點培育項目單位、福建省社區(qū)示范教育基地、全國護考試題開發(fā)基地、福建省醫(yī)療護理員培訓中心、福建省藥師協(xié)會執(zhí)業(yè)藥師繼續(xù)教育面授施教機構(gòu)、福州市長期護理保險評估機構(gòu)、全國營養(yǎng)指導能力提升備案機構(gòu)、福建省人力資源和社會保障廳“揭榜掛帥”培訓單位。面向基層開展鄉(xiāng)村醫(yī)生規(guī)范培訓、醫(yī)藥衛(wèi)生技術(shù)人員培訓等項目；面向企業(yè)職工和社區(qū)開展護理急救、健康養(yǎng)生等技術(shù)培訓，年培訓約3萬人次。2017年校本部被評為福建省教育廳繼續(xù)教育示范教學點。2018年學校被教育廳評為“社區(qū)教育示范基地”，獲得全國“優(yōu)秀成人繼續(xù)教育院校（培訓學校）”。2020年，學校老年項目獲福建省高校老年大學建設項目。2022年中國藥科大學福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學院函授站獲“高校繼續(xù)教育優(yōu)秀校外教學點（函授站）”
福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學院職業(yè)技能鑒定站始建于2002年11月,是福建省人力資源和社會保障廳批準的省級職業(yè)技能鑒定站。站長由學校校長兼任，副站長由分管教學的學校副校長兼任。鑒定站具有良好的工種培訓與鑒定條件，有一支穩(wěn)定的高素質(zhì)教師隊伍和管理人員隊伍。目前開設有養(yǎng)老護理員、美容師、育嬰員、食品檢驗工、保健按摩師、醫(yī)藥商品購銷員、口腔修復工、中藥調(diào)劑員、健康管理師、計算機信息類、病患陪護、老年照護、保健推拿等工種的鑒定考核及“1+X證書”制度試點工作。2019年獲批福建省衛(wèi)生健康行業(yè)職業(yè)技能鑒定站；2021年獲批福建省職業(yè)技能等級認定機構(gòu)；2022年獲批全國計算機等級考試考點。獲國家職業(yè)教育1+X證書《失智老年人照護》職業(yè)技能等級證書培訓考核工作“2022年度試點工作示范院?！睒s譽稱號。2023年入圍重點產(chǎn)業(yè)項目“揭榜掛帥”培訓單位，其中育嬰員工種入圍嬰幼兒照護人才培訓項目；養(yǎng)老護理員、健康管理師工種入圍康養(yǎng)服務人才培訓項目。榮獲第一批福建省職業(yè)技能等級統(tǒng)一認定報名示范點單位。2023年，入選中國健康管理協(xié)會營養(yǎng)指導能力提升備案培訓機構(gòu)。
30多年來，福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學院繼續(xù)教育學院依托學校良好辦學條件和雄厚的師資力量，堅持“為行業(yè)培養(yǎng)人才，為社會健康服務”的辦學宗旨，大力開展成人高等教育、自學考試、繼續(xù)教育培訓、職業(yè)技能培訓鑒定等，形成了多學科、多層次、多形式的辦學格局。